Деградационные изменения в гумусовых горизонтах чернозёмов фиксируются под микроскопом раньше, чем в агрохимических показателях. К характерным микропризнакам относятся: появление угловато-блоковых и плитчатых агрегатов вместо округлых зернистых, снижение биогенной агрегированности, трещиноватость. Гумус переходит из микросгустковых форм в потечные - перестаёт удерживаться в агрегатах. Растительные остатки приобретают признаки ожелезнения и углефицированности, на стенках пор появляются кутаны иллювиирования - глинистые плёнки, указывающие на перемещение вещества вниз по профилю.

Орошение, особенно минерализованными или содовыми водами, вызывает выраженную профильную дифференциацию: на поверхности формируются обезыленные пузырчатые корочки, характерные для корковых солонцов. Почва под воздействием такого орошения приобретает микростроение, не свойственное зональным чернозёмам. 

Современные методы позволяют не только описывать микростроение, но и измерять его параметры: размер и форму агрегатов, характер пористости, ориентацию структурных элементов. Это даёт возможность сравнивать состояние почв в динамике и оценивать эффективность агротехнических мероприятий.